重庆原来的清真寺，位于重庆十八梯依山而立，，始建于明成化15年间即1479年，2014年，为适应盛世中国和发展需要，重庆清真寺在重庆市政府和中国伊斯兰教协会的关心支持下，迁往位于九龙坡二郎黄泥坳回族公墓一侧重建。占地40余亩，整个建筑雄伟端肃、布局严整、大气庄重、装饰精致、雍容祥和，充分把握了阿拉伯伊斯兰风格与中国回族风格的有机融合，礼拜大殿四壁充分体现“中国风”，一批卓有成就的书画家作品在此展示。
清真寺四角四座“宣礼塔”，高达68米，有盘旋楼梯及顶，礼拜大殿高大宏阔，布局典雅，虎图白楼（讲经台）高擎，庄严肃穆，可同时容纳两千人礼拜，为方便女性礼拜，主大殿一侧，设有专属女大殿。这座当前西南地区最现代的清真寺，已于2020年金秋建成开放。
重庆清真寺历史
河南钧州人氏马文升，生于1426年，25岁获进士及弟入仕，曾官居湖广按察史、辽东巡抚、总督漕运、兵部尚书、吏部尚书，为官清正、心系苍生、憎恨贪腐，为此得罪朝庭奸宦和权贵，1478年被诬陷遭谪贬，逐出京畿任“重庆卫”。到任后巡视城防、民生时，见聚居在南纪门的众多回族兄弟，拥挤在一处极其简陋、四壁破败、难避风雨、摇摇欲坠的房子里做礼拜，既不安全、又不成体统。于是倡言修建重庆清真寺，此议得到吴兴隆等贤绅、富商拥戴，回族民众踊跃捐赠，马文升也从“重庆卫”拨出专款支持。
《古兰经》里讲福报，马文升便是实证。1509年，马文升再遭权宦刘谨等陷害被削秩除名，但他心绪宁静、处变不惊、生活如常、操守依然，1510年7月无疾而终、大德高寿，享年85岁。不久新君继位，念其正身直行、公忠体国、心系苍生、功勋卓著，追授光禄大夫、太傅，谥号“端肃”、加赠左柱国、太师等，以资褒奖。
1479年建成的重庆清真寺，从此成为渝城显著地标，阿拉伯式尖顶圆形标志性建筑瑰丽宏伟、大殿金碧辉煌，历朝历代一直兴旺不衰，成为西南及重庆周边穆斯林虔诚景仰聚集礼拜的圣地。1939年4月起，日本飞机对重庆实行无差别轰炸，十八梯一带惨遭多次空袭，清真寺及周边街区几乎被夷为平地。
1941年底，太平洋战争爆发，美英苏中等国结成同盟，在东西两线对德意日法西斯实施沉重打击和反攻，日本在中国、在重庆逐渐失去制空权。1943年5月，重庆清真寺在中国回教救国协会的主持下，在社会捐资、政府补贴下重建完成，从此大门开在面向“天官府”，紧贴中兴路的大马路边。
在废墟上重建的重庆清真寺落成，敬聘出生于北京牛街、阿訇世家，1921年北平花市清真寺“穿衣挂幛”（毕业），多次出访埃及和圣城的社会活动家、中国伊斯兰教会副会长，曾历任北京、河北、济南、香港、台北等著名清真寺教长的马松亭，出任重庆清真寺“伊玛目”（阿訇、教长）。在两年多任期里，他总是尽可能抽挤时间领诵《古兰经》、讲解剖析教义，同时创办了重庆伊斯兰经学研究班，他以自己的名望、学识，邀请胡适、傅斯年、马寅初、郭沫若、柳亚子、张柏苓、林语堂等名家授课，为全国储备和培养了一批，既懂伊斯兰教义，又懂中国传统文化的人才。
重庆清真寺地址
重庆市九龙坡区创业大道299号
