南宁水月庵距今已有300多年的历史，原名观音庵，始建于清朝康熙四十四年(公元1705年)。乌龙寺上广下映和尚在临江街建造观音庵，派比丘尼上道下淑师父主持。雍正四年(公元1726年)扩建，因庵堂面向邕江，夜里水月相映，上寂下印禅师故改名为水月庵。
观音有三十三相，水月观音便是其中之一，她高坐水边的石上，扭头望着水中月亮的倒影，用以喻诸法如水中月而无实体。当时的水月庵属砖木结构的三进厅和两廊一阁，入门的一进厅是客厅，有一木屏风，上面雕刻着阁祖师头像，二进厅是出家师父的住舍和天井，三进厅是放置菩萨佛像供人们烧香朝拜的，地铺褐色石板，大门对着是区临江街。当时南宁的“三教”(懦、佛、道)信仰颇为流行，每逢初一、十五的时候，一些虔诚的信徒和信佛香客蜂拥前去水月庵里顶礼膜拜，一时香火鼎盛。庵的后门临邕江处有一码头，一些远处香客也慕名划船前来凑热闹。
在抗战时期，水月庵于民国28年(1938年)8月30日被日机轰炸，大厅被毁，死伤比丘尼及部分避难民众约六十多人，民国38年重建。文革期间，破“四旧”之风盛行，水月庵首当其冲，被迫停止一切佛事活动。粉碎“四人帮”后，水月庵才恢复佛教活动。
1986年，因城市改造，把邕江大堤扩建成大道，市政府为了落实宗教政策，拨给补偿拆迁费30万元人民币，将它搬到青秀山天池西面重建。1987年动工，座落在古代景区中当年的普贤庵遗址。这里曾是佛教寺庵云集的风水宝地。庵前石壁悬崖古称“撷青崖”刻有王阳明(世称“阳明先生”)的“阳明先生过化之地”。崖下曾有“独孤”古庙，也叫青山寺。水月庵在青秀山落成时，中国佛教协会会长赵朴初居士亲自为水月庵题写了庵名，新址于1988年建成，面积2200平方米。 如今水月庵常住的师傅有10位左右，常住的护法居士也是10位左右，主持为温州那烂陀佛学院的教务长上性下空法师。
