能仁禅寺地处桂林市中心，占地面积1800平方米，在桂林市四个道扬中是规模较大的寺院之一，能仁寺始建于梁天监二年(503)，距今已1400多年。唐代兴盛佛教，德宗时翰林学士陆贽舍宅筑基，名福业院，后改称报国院。宋代大中祥符元年(1008)改称承天院，政和七年(1117)改称能仁院。元顺帝至正十六年(1356)毁于兵燹，明洪武二十四年(1391)改称为能仁教寺，正统二年(1437)重修，清乾隆二年(1737)称能仁禅寺。
能仁寺殿宇宏伟，气势雄浑，四周环水，占地70余亩。寺院座北朝南，略显长方形，主要建筑物分布于一条南北轴线及其东西两侧，山门直对天仙桥。山门往北为金则殿、大雄宝殿、华严阁。金刚殿前有参天银杏两株及砖塔一对。大殿东偏为纪念陆贽建有宣公祠，西偏为鲁班殿、功德林。大殿前为钟楼和鼓楼。寺院周围僧房棋布，禅室罗列。共有十二禅房，僧众百余人，为远近闻名的大寺院。
能仁寺阅历千载，几经兴衰，也有许多感人故事。清朝未年，一场无情大火，能仁寺又不幸被毁。当时中医沈季良妻邱氏身披袈裟，背负韦驮佛像，手持木鱼沿街三步一跪叩至外埠南当镇化缘集资，历经49天，终于感动富室获得资助，重建大雄宝殿。1938年日军入侵，能仁寺又被大火焚毁。幸存的遗址只有华严阁台基与蚕皇殿。
能仁禅寺的修建工程自1980年10月正式开工。1995年4月告竣开光。
1996年10月10-15日，中国佛教协会副会长净慧法师来桂林访问、弘法，并在当年太虚大师两度讲经说法的能仁禅寺大雄宝殿为桂林、南宁二地数百位信众开示《佛教的正信与正行》。1997年，能仁禅寺将原砖木结构的观音殿改建为钢筋混凝土结构的两层综合殿堂。
能仁禅寺现在的大雄宝殿坐西朝东，占用面积约500平方米，建筑主体部分还是当年道安法师主持修建的，经过近60年的风风雨雨至今已经显得很陈旧了，雨天屋面滴漏严重，补不胜补。能仁禅寺常住决定在1999年重建大雄宝殿，并继续呼吁政府进一步解决“老、大、难”问题，争取早日收回被占用的弥勒殿和山门土地使用权，使能仁禅寺以新的姿态进入21世纪。
