高昌故城位于吐鲁番市东部40多公里的三堡乡，是西汉至元明时期吐鲁番盆地中心城镇（公元前1世纪至公元14世纪）。它曾经是高昌维吾尔族王国的首都。它是在公元前一世纪，由西汉王朝在主前国的屯田部队建造的。
现有的高昌古城遗址是在高昌维吾尔族唐代高昌城的基础上重建的，总面积200万平方米。城墙大部分残留，夯土建造。整个城市的平面呈不规则的方形，布局可分为外城、内城和宫城。
外墙基厚12米，高11.5米，周长约5.4公里，周围有保存完好的突出马面。南面似乎有三扇门，其余三扇有两扇门。西北的大门保存最好，有一个曲折的瓮城。
内城位于外城中部，平面略呈长方形，其建筑年代早于外城，西、南两面保存较好。
宫城在外城最北端，其北墙为外城北墙，南墙为内城北墙。
高昌城废弃以后，大部分地面建筑荡然无存，现保存较好的遗迹有以下几处：
外城西南角的一座寺庙遗迹占地面积近1万平方米，由山门、庭院、讲经堂、藏经楼、大殿、僧房等组成。从建筑特点和残留壁画分析来看，其建筑时代属于曲氏高昌中期。寺庙附近还有一些车间和城市遗址，可能是小工人的车间和商业市场。
外城东南角还有一座寺庙遗迹，里面有一座多边形的塔和一个支提窟，是城市里唯一一个有壁画的地方。从壁画风格和干塔干造型分析，是高昌维吾尔时期的建筑。
内城北部中部有一个平面略方形的小堡垒，当地被称为可汗堡。堡内北部的高平台上有一座15米高的夯实方形塔建筑，西部有一座地下双层建筑，只有地下部分，南、西、北三面有一条宽大的阶梯门。
20世纪初，德国考察队在堡内东南角挖掘了北凉承平三年(445年)的抑渠安周寺功德碑。根据纪念碑时代的推断，这座城堡可能是北凉时期的建筑，是早期的宫城。许多夯土建造的殿基保留在外城北部，一般高3.5~4米左右，夯层厚度约0.35～0.48米，是宫殿建筑遗址。
高昌故城是高昌历史上的政治文化中心。它是一个与中央政权有特殊关系的西部重要城镇。长期以来，作为中央政府的辖区，它在政治、经济和文化上与大陆保持着密切的关系。同时，它也是中国古代与西方交流的枢纽，为丝绸之路上的文化交流、民族交流和宗教交流提供了宝贵的物证。
