重庆清真寺原名“重庆清真西寺”。抗战期间曾名“陪都清真寺”，现位于重庆渝中区中兴路5号，占地面积4500平方米。该寺为明万历年间侍郎马文升主持修建。原分三寺，中兴路寺院为西寺，另有南寺(今重庆剧场址)、北寺(今江北区域内)。1940年，南寺被日机炸毁，1942年修复。不久，南北两寺并入西寺。1982年，清真寺进行了全面培修，建筑更具特色。阿拉伯式绿色圆堡赫然立于屋顶，上矗星月标志；大殿四柱耸立，殿堂内粉墙银光，色彩和谐，气氛肃穆。寺内存有伊斯兰教圣训。有阿訇主持宗教活动。每逢斋月节日，教友聚此祈祷诵经。每周星期五为“聚礼”日。寺内设有庆聚斋清真餐厅。市伊斯兰教协会设于此。
元末明初，我国西北陕、甘、宁、青等地的穆斯林商人，陆续进入重庆地区经商。到了明成化、万历年间（公元15－16世纪）迁移来渝定居的穆斯林教胞逐渐增多。他们多居住在渝中区南纪门靠长江边上下；十八梯；回水沟一带。明末万历年间（1593－1597年），由旅居此地的河南回族马文升倡议，吴兴发、绽辅汉、赵名刚、马云武等穆斯林群众捐资修建“重庆清真西寺”，该寺占地面积2700余平方米，坐西朝东，大殿阿文金碧辉煌，房顶琉璃彩瓦，古朴庄严，气势雄伟壮观。
自建寺后，经历明、清到民国，念经礼拜，节日集会，从未间断；在抗日战争期间，于1940年至1941年，遭敌机轰炸，为解决当时穆斯林礼拜之急用，由驻渝的“中国回教救国协会”修建简易礼拜大殿和水房。1943年，在“中国回教救国协会”领导支持下，将该寺命名为“陪都清真寺”修建，按60万元设计，由当时国民政府补助30万元，不足之数由该会募集，同年竣工。该寺房屋多以条石为基础，土墙承重，木屋架，小青瓦屋面。聘马松亭阿訇首任“陪都清真寺”教长，1943年至1946年该寺举办中国伊斯兰经学研究班，并于同时期举办四期清真女学，以培养阿訇人才和对女穆斯林进行宗教基础知识的教育。中华人民共和国成立后，该寺日常五番礼拜，主麻聚礼等宗教活动正常开展，每逢“开斋节”、“古尔邦节”该寺有穆斯林几百人举行礼拜和庆祝活动；1966年，“文革”期间，该寺部分厢房被街道工业占用，大殿一度被侵占，宗教活动被迫停止。党的十一届三中全会后，落实了民族宗教信仰自由政策。1980年11月恢复重庆清真寺宗教活动。1983年经鉴定，多数为危房，政府拨款两次进行局部改建和维修，将礼拜大殿修缮一新，新增建绿色圆顶，不锈钢星月标志，新建了具有阿拉伯风格的左右厢房；大殿里铺设红绿整块地毯，壁灯、吊灯、日光灯交相辉映，大殿与整个清真寺建筑显得庄严肃穆、雄伟壮观。1993年，在改革开放的大好形式下，重庆市伊斯兰教协会、重庆清真寺管理小组与重庆渝亚房地产开发有限公司，在重庆清真西寺原址上联合开发进行新建，1996年建成其建筑面积为11501.07平方米的十八层高的重庆清真寺（又称重庆穆斯林大厦）。内有重庆市伊斯兰教协会；庆聚斋清真餐厅；写字楼等。整栋大厦具有阿拉伯建筑风格，在渝中区解放碑繁华闹市区矗立的高楼中，独树一帜，霓虹灯、射灯、各种彩灯使夜幕下的重庆清真寺更具伊斯兰特色，为山城增添了一个新的人文景观。2007年3月重庆市渝中区灯饰办招标伯爵照明设计工程公司，由政府出资35万元重新为我会穆斯林大厦安装灯饰工程。6月中旬已经竣工，穆斯林大厦再次成为山城夜景中一道亮丽的风景线。
礼拜大殿位于大厦顶层（15楼）。绿色穹隆，银色星月塔尖，屋顶花园及四座高矗的班克楼，颇具伊斯兰特色，清真寺用房1200余平方米，其中设大殿、水房、会议室、接待室、经书阅览室、阿訇室、陈列室等，其中礼拜大殿面积300平方米，绿色整块地毯铺地，上面铺有柔软花毡拜毯，女殿用布帘隔开，正中建拱形窑窝，绿底上写《古兰经》中的《忠诚章》金黄色经文，右侧米黄色虎图白楼一座，旁边放置经书和大香炉；柔和的日光灯和吊灯围绕穹顶使整个大殿显得高雅雄伟、庄严神圣。清真寺全天候对外开放，为来渝学习、经商、旅游的国内外穆斯林洗浴、礼拜、住宿、清真餐饮提供了极大的方便。
清真寺民主管理制，现为重庆清真寺管理委员会，本届寺管会于2003年2月成立于。教务上沿袭历史的以三掌教制为主体（亦称三道阿訇），即由伊玛目，海推布、穆安津分工合作主持教务，聘请马云峰、马武达等阿訇。由于清真寺管理委员会制度健全、管理有方，宗教活动、自养、环境卫生等方面的成绩突出，1999年重庆清真寺被中国伊斯兰教协会评为全国一百座模范清真寺之一、被重庆市民族宗教事务委员会评选为“全市五好”宗教活动场所称号。
重庆清真寺地址
重庆市渝中区中兴路5号
