友民寺建于南朝，至今已有1400年的历史。佑民寺最早被称为大佛寺。梁朝时期，豫章王(豫章是南昌古代的昵称)的老师葛鲟家有一口井，里面住着龙。豫章王特意做了一尊大佛像来镇住龙。后来葛鲟把房子捐出来建寺庙，因为供奉了镇龙的大佛像，所以叫大佛寺。唐代，大佛寺改名为开元寺。
禅宗八祖马祖道在佑民寺住了15年，开创了洪州宗。784年，新罗(也就是现在的韩国)僧侣来到开元寺参观当时住在马祖的弟子西唐智藏禅师，赢得了西唐智藏的赏识，将法号改为道德，传授禅门心法。除了道德，智藏禅师的新罗弟子还有洪指、惠哲禅师等，回韩国开创了实相山派、桐裹山派。九世纪初，禅宗在韩国形成了禅门九山
隋唐时期，大佛寺香火十足。唐开元年间(713-741)，大佛寺奉贤改名为开元寺。此时寺内香火不减当年，梵音长播，名声远传，不仅名为中国，而且远离海外。据《中朝佛教文化交流史》记载，开元年初，新罗(今韩)僧人金大悲。住在洪州开元寺(即南昌佑民寺)。洪州在唐大历时期(766-799)改名钟陵。大历八年(773)，中国禅宗八祖之尊的释道一移锡人住钟陵开元寺，在此弘法15年。
释道一(709-788)，俗姓马，汉州什邡(今四川什邡县)人。他年轻时出家于义内罗汉寺。20岁时，他在渝州圆律师座下接受足戒后，游学到南岳衡山(今属湖南省)。他不得不放手，以磨砖不能成镜，坐禅不能成佛为例。随后，随侍释怀9年，得授心印。几年后，释道一前往福建，在建阳佛迹岭(今属福建省)开法，广弘南宗顿悟宗风。唐天宝三年(744)前后，释道率众迁锡江西。到大历八年(773)，释道一率众移居钟陵开元寺。
佑民寺许多佛像和千佛缸，缸外装饰着90多尊佛像，神态各异，古朴端庄。缸上有许多佛像，在中国很少见。后殿有一型铜佛像，庄严珍贵。在佑民寺右侧，一座四层角形的钟楼保护着佑民寺。钟楼内悬挂一口大铜钟，十世纪南唐时期铸造，重5000多公斤，高二点三米，周长四点七米。钟楼建于1929年。
据说朱元璋曾微服佑民寺，寺僧一再问他的名字，朱元璋大为恼火，便题诗一首在殿壁上，说：余尽江西数万兵，腰间剑压留腥。野僧不认识山河主，只是他的名字。题罢便扔笔而去，并说要严惩寺僧。寺僧非常害怕，就在一云游僧晚上在这里睡觉的时候，他抹去了墙上的原诗，又写了一首，说:御笔题诗不敢留下来，留下来的时候怕鬼神愁；好的是经常洗河，还有毫光射斗牛。后来，当朱元璋准备问罪时，读完新诗后就不再追究了，并称赞寺内大人在。
嘉庆年间，后殿铸铜引佛一尊，高1.6丈，重3.6千斤。民国时期，南昌民间谚语江西穷是穷，还有3.6万铜指此。
民国初期，北洋军阀强占佑清寺为营房。此后，国民党军队实际上将寺庙宫殿作为军火库划分为禁区，僧侣们被驱逐，香火中断。此外，驻寺军多次在寺内引发火药爆炸，寺庙受到严重破坏。起义军在1927年八一起义战役中，攻打了国民党军队弹药库南昌佑清寺。1929年，南昌居士姚国美、曾非等与南海行宫住持恒定和尚共同修复佑清寺。
姚国美带头捐赠了数万元的诊疗费用，并联系众同筹集净资金，重建大雄宝殿，重建山门，重建念佛堂，重塑佛像。姚国美主持在山门右侧房开设中医诊所，施医舍药，以药金收入，供寺内香火油金。山门左侧房辟为佛经流通处。四层四角形钟楼(位于今环湖路4号)建在寺西侧，普贤寺铜钟移原。修复完成后，姚国美等共议将寺名改为佑民寺。
随后，姚国美联系了南昌居士林（又称觉集念佛林），参与了佑民寺念佛堂的建立。此前后，释慈舟、释印光和居士梅光羲先后到佑民寺讲经。西藏诺那呼图克图及其弟子贡卡大师也先后在佑民寺启坛并传道。
1966年6月，文化大革命开始后，佑民寺遭到破坏，宫殿建筑、寺庙佛陀、菩萨雕像和武器被破坏。僧侣们被赶出山门，3万金的铜佛像被锯掉了。除了头，它们都被熔化了。寺庙庭院被其他单位和个人占有。
文化大革命结束后，1986年，中共南昌市委、市人民政府决定修复佑民寺，拨出专项资金迁出寺内占用单位和居民。第二年春天，钟楼和药师佛殿修复完成。今年4月，省佛协常务理事全部被释放为住所。寺庙中断20多年的香火可以复燃。随后，省佛协副秘书长兼常务理事释达定为监院。在国内外四弟子的帮助下，尤其是香港宝莲寺方丈释圣多次捐款，佑民寺修复工程进展迅速。1991年1月2日(农历11月2日)，佑民寺隆重举行大钟大鼓开响仪式，中断了20多年的钟鼓复响。
