苏州园林主要为宅园，传统文化十分注重宅园“风水”，苏州园林在选址和布局上自然要寻找“风水佳穴”。
中国风水是地景崇拜的体现，讲求人和宇宙的协调，用得较多的就是阴阳八卦和五行、四象之说，反映了中华古人对地质地理、生态、景观、建筑等的综合观念，这是一种“天人合一”的地理观，被西方科学家称为“东方文化生态”。
“藏风聚气”、“山环水抱”和“龙真穴的”被称为“风水三要素”。例如，园林选址，风水术以四灵之地为理想的环境，它的构成模式完全套用五行四灵方位图式，只是将四灵具体化为山（玄武）、河（青龙）、路（白虎）、池（朱雀）等环境要素。所谓左青龙、右白虎、前朱雀、后玄武，用的是相对方位，并非东西南北的绝对方位。
苏州园林选址也以四神兽模式为最佳，如《阳宅十书》所言：“凡住宅左有流水谓之青龙，右有长道谓之白虎，前有污池谓之朱雀，后有丘陵谓之玄武，谓最贵地。”苏州耦园，东（左）为流水，南（前）有河道，北（后）有藏书楼，楼后又为水，西（右）有大路，自然为大吉之地。
“八卦”是平面上八个方位之象，为四方位细分的派生物，因此，住宅大门是房子的嘴，主吸纳灵气，所以，园林住宅大门的朝向最为重要，一般坐北朝南，以八卦中的离（南）、巽（东南）、震（东）为三吉方，其中以东南为最佳，在风水中称青龙门。门边置屏墙，避免气冲，屏墙呈不封闭状，以保持“气畅”。私家园林住宅的大门一般偏于东南，处于属“木”的“巽”位，“巽”为“风”卦，水木相生，“风”为入，寓意财源滚滚而入，且向阳、通风。据说，民间认为东南风可以感受到平和恬淡、安详淳朴的自然情调，所以风水最好。正南“离”卦，属午火，阳气最旺，唯“帝王”和“神”消受得起，一般人不避反伤，所以私家园林大门鲜有朝正南开者。
拙政园住宅部分位于山水园的南部，分成东西两部分，呈前宅后园的格局。住宅坐北面南，纵深四进，有平行的两路轴线，主轴线由隔河的影壁、船埠、大门、二门、轿厅、大厅和正房组成，侧路轴线安排了鸳鸯花篮厅、花厅、四面厅、楼厅、小庭园等，两路轴线之间以狭长的“避弄”隔开并连通。住宅大门偏东南，也避开了正南的子午线。避开正南开门的现象多见于明代和清代前期的建筑，到清代中、后期就不大讲究了，如耦园大门朝正南而开。
风水学认为，“凡宅居滋润光泽阳气者吉，干燥无润泽者凶”。住宅固然要求干燥，但周围如果没有溪水环绕，就断绝了生机。
风水中符合医学科学的内容也很多。例如，住宅建筑前屋低、后屋高的吉，符合人们对于光照的需要，阳光紫外线可以杀菌。大门前不可种大树、独树和空心树、瘦结如瘤之树、藤萝纠缠之树等，以免阻挡阳光，阻挠阳气生机进入屋内，屋内阴气不易驱出。苏州春在楼建筑在一条中轴线上，有门楼、前楼、中楼、楼脊，中楼高于前楼，前楼又高于门楼，呈“步步高、级级高”走向，既符合人的趋吉心理，又符合医学科学。风水术对小环境的树种选择也甚为讲究，如《相宅经纂》主张宅周植树，“东种桃柳（益马）、西种栀榆、南种梅枣（益牛）、北种柰杏”；又“中门有槐，富贵三世，宅后有榆，百鬼不近”，“宅东有杏凶，宅北有李、宅西有桃皆为淫邪”，“门庭前喜种双枣，四畔有竹木青翠则进财”；还有“青松郁郁竹漪漪，色光容容好住基”之说，提倡种松竹。上述貌似迷信荒诞的吉凶说，却颇符合科学，它既科学地根据不同树种的生长习性规定栽种方向，有利于环境的改善，又满足了改善宅旁小气候观赏的要求。“桃李罗堂前，榆柳阴后檐”，俗语称：“树木弯弯，清闲享福。桃株向门，荫庇后昆；高树般齐，早步云梯；竹木回环，家足衣绿；门前有槐，荣贵丰财。”苏州园林对植物树种的选择就很讲究，如网师园和狮子林都门庭前植槐，以符“槐门”之称，大厅的前后种上金桂玉兰，以合金玉满堂。苏州沧浪亭，草树郁然，崇阜广水，不类乎城市。杂花修竹之间有小路，三面环水，旁无居民，左右都有林木相遮蔽，前竹后水，水之阳又竹无穷极，澄川翠干，光影会合于轩户之间，尤与风月为相宜。钱大昕《网师园记》曰：网师园“负郭临流，树木丛蔚，颇有半村半郭之趣。居虽近廛，而有云水相忘之乐”。园林中以松柏为主景的也很多，网师园的“看松读画轩”、拙政园的“听松风处”、怡园的“松籁阁”都以松为主景。
噪音也是妨碍人体健康的大敌，所以，风水以为“不宜居大城门口及狱门、百川口去处”，因为那里人员杂沓，车马声、吆喝声、呻吟声，使人烦躁，甚至会引起失眠等症状。苏州园林的主人大多以隐逸为旨趣，他们营造的是“居尘而出尘”的“城市山林”，相土选址以“地僻为胜”，“远往来之通衢”，所以，苏州园林都建在小巷深处，杂厕于民居之间。例如，网师园大门位于一条极窄的羊肠小巷阔家头巷深处。因为园主筑园之初心，即藉以避大官之舆从也！艺圃位于文衙弄，不远处就是曹雪芹《红楼梦》中说的“红尘中一二等风流繁华之地”的阊门，但却有“隔断城西市话哗，幽栖绝似野人家”，要找到艺圃，非得有寻幽探芳的决心不可。
耦园僻处苏州“城曲”小新桥巷，罕有车迹。拙政园东部明代末年是王心一的“归田园居”，当年也是“门临委巷，不容旋马”，“委巷”即东首的百花小巷。号称“吴中第一名园”的留园，位于苏州阊门外，当时从城内出城去留园，都是狭窄的石子小道。留园东北是花埠里，北至半边街、东邻五福弄、西迄绣花弄，都是小巷。南面的留园路，原先也是小道。拙政园之地，早在唐诗人陆龟蒙所居之时，就是“不出郛郭，旷若郊野”。北宋时胡峄居此，也是“宅舍如荒村”。明时仍有积水亘其间，颇具山野之气。明代依然有“流水断桥春草色，槿篱茆屋午鸡声”的野趣（文徵明《拙政园若墅堂》诗）。如今大门面对着人民路的怡园，原来大门也开在小巷。可以说，避开尘嚣、“隔尘”、“隔凡”，赢来一份清幽，这是苏州园林选址的共性。
苏州在长期的造园实践中，逐渐拂去了构园活动中浓重的迷信色彩，而强调了构园中符合人们的环境生态、环境心理的科学性和实际性，如明代计成在他的造园经典《园冶·立基》中明确地说：“选向非拘宅相。”认为园林的建筑布置、向背应该根据造园的立意，因地制宜，而不可完全为风水堪舆所迷惑。苏州宋代的沧浪亭、明代的艺圃和清代的听枫园，大门都朝向北面。苏州大量的私家园林大门朝向是依街巷方向而定，与民宅并无二致；但在园内的整体结构上，基本上符合前朱雀（池）、后玄武（山或楼）、左青龙（河）、右白虎（大路）的相对方位。即使现在设计的新园林，也基本遵循此原则，大致以正厅、正房为主，正厅的朝向根据主人的生肖八字来定，变化多端，并无定则。
面水背山的环境自然是十分理想的生态环境。费尔巴哈讲到过“一种精神的水疗法”，认为“水不但是生殖和营养的一种物理手段……而且是心理和视觉的一种非常有效的药品。凉水使视觉清明，一看到明净的水，心里有多么爽快，使精神有多么清新！”水生植物也具有净化水体、增进水质的清洁与透明度等功能，如芦苇、水葱、水花生、水葫芦等不仅具有良好的耐污性，而且能吸收和富集水体中硫化物等有害物质，净化水质。植物还可以防止硝酸盐污染地下水。而植物茂密的青山引来飞禽走兽，带来鸟语花香，春山淡冶如笑，宜游；夏山青翠欲滴，宜观；秋山明净如妆，宜登；冬山惨淡如睡，宜居，符合传统养生学中“和于阴阳，调于四时”之说。
