慧济寺在佛顶山(又称白华顶、菩萨顶)右上方，1983年，校国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。寺最早时仅石亭，中供佛像。明时僧人慧圆，创建慧济庵，至清乾隆五十八年(1783年)僧人能积扩庵为寺。清光绪三十三年(1907年)僧人德化请得《大藏经》，又经僧人文正大力建造，遂成巨刹，与普济、法雨共称普陀山三大禅寺。
由法雨寺到慧济寺需经一石级小道，人称香云路，全程有石级1088层，约2华里。此路原为樵蹊，细盘如羊肠。清光绪三十年(1904年)慧济寺住持文正，东监院庆禅募资砌石而成，路旁又设铁栏杆，为游人上山提供方便。一路青山绿水，鸟语花香，沁人心脾。路西的青玉涧，自山巅至山麓，一带飘流，淙淙汨汨之声，时有所闻。清人裘琏有诗云：“一涧泠泠彻底清，镜人心影得嘉名，谁言观海难为水，雨后飞泉十丈赢。”香云路不到三分之一处，路西光熙峰下有石似熊，翘首北望，憨态可调，近人称之为“白熊望月”。中途的香云事，呈长方形，建于路中，下有两涧穿行而过。亭侧建有茅蓬及眺廊，游人和香客常在此驻足小憩。
过香云亭向前，在陡坡转弯处，有一略呈方形的巨岩，矗立路侧，垂面上镌数尺见方的四个大字：“海天佛国”。字为明朝抗倭名将侯继高所书。相传当年侯继高驻山抗倭，佯装上佛顶山上礼佛，鸣锣开道，引寇入山，一举而歼之。此字即为当时所书。“海天佛国”石上又叠一石，状如倾斜之钟，高插青冥。石上有摹崖题款“云扶石”三字。相传1962年，郭沫若游山，至佛顶山，信口而出“佛顶山顶佛”，并向同行者征下联。
郭的秘书出“天一阁一天”顶对，郭不以为佳，一姓郭的当地社队干部出“云扶石扶云”以对，郭沫若颇为赞赏，传为佳话。云扶石上有一小潭，如碗若钵，承受天露，日积月累，清冽不腐。
海天佛国石周围，多老杆矮松，虬枝横卧。普陀山上的参松怪石很多，除云扶石外，另还有两石较为著名。一为磬陀石，一为二龟听法石。合称普陀三奇石。磬陀石在梅福禅院西，由上下两巨石相垒而成，上石上广下锐，高近3米，宽近7米，呈菱形，体积约43立方米，重约400余吨，顶巅平坦，可容30人左右。攀梯而上，以观沧海，视野豁达。下石周广20余米，将上石托往。两石间隙如线，睨之通明，似无着处。旧传曾有人牵细线横割而过，以后试者，都未成功。磬陀石险如滚卵，却安稳如磬，亿载未动，万劫不摇，为普陀胜景之绝。清人曾有诗称：“上承一石状如菱，坐有百余人可受。底平一线曾不连，黠者隙处支碎音氐”，“洛迦二百里，巨石不数，磐陀独标异”。石上题有“磐陀石”、“金刚宝石”、“天下第一石”、“通灵”等字样。相传曹雪芹著《红楼梦》中贾宝玉的“通灵宝玉”的原形就源于此。每逢夕阳西下，石披金装，灿然生辉，景色尤为壮观。“磐陀夕照”成为普陀十二景之一。二龟听法石，位于观音洞北，上龟回首引颈同伴，似嗔似恋，下龟昂首奋力，缘石而上。传说是龙王两龟相，听观音说法不肯离去，被菩萨定化成这般模样。也有人说两龟为一雄一雌，因未断尘缘，沿路眉来眼去，顾盼传情，被罚作石，给修行不诚者作戒。
走完香云路，踏上一条间嵌莲花雕刻的石板路，路旁林荫夹道，七步一荷，引香客入三摩地，匠心别具。全寺占地面积20余亩，建筑面积5500平方米，由天王殿、大雄宝殿、观音殿、大悲阁、藏经楼、钟楼等组成，布局不规则，颇具江南园林特色。该寺山门简朴，上书“慧济禅寺”。天王殿三间依山建筑。与普陀山其它寺院不同，主殿大雄宝殿，供奉的是释迦牟尼佛像，两边侍立得意弟子阿难与迦叶。大殿两厢各塑有10尊塑像，是佛教传说中的“二十诸天”，后两侧供观音及千手观音木雕像。大雄宝殿屋顶全用天蓝、淡绿、鹅黄、紫红等色琉璃瓦盖成，在阳光下映出万道彩红，形成“佛光普照”的绮丽景观。寺内现存御印三枚，其中御赐金印一枚(原物已交国家收藏，现为仿制品)，上刻“敕建南海普陀名山观音宝印”，清乾隆六十年(1795年)制；嘉庆元年(1796年)，赐翠玉印一枚，印文是“南海普陀佛顶观音大士宝印”；明万历三十三年(1605年)赐普陀禅寺钢印一枚，印文为“敕建南海普陀禅寺观音宝印。”
慧济寺后门左侧有一树，即是普陀山三宝之一的“普陀鹅耳枥”。该树从地表处分两杈并列长出，在一丈多高处又分两权，往上再有规律地一分为二，故又称“夫妻树”。这棵树是200多年前由缅甸僧人来普陀山朝拜时携来，目前为世界稀有。1930年中国植物学家钟观光来山进行植物调查时发现，1932年经植物学家郑万均鉴定，认为是一新树种，定名为“普陀鹅耳枥”，被列为国家二级保护树种。游佛顶山者大都要去观赏一下她的芳姿，以饱眼福。该树因种种原因，极难繁殖。据悉现在已插枝成功。另有被誉为“佛光树”的新姜子木，也是稀有树种，好似一个报春的使者，每当春天农历二月十九观音大士圣诞之日，它的嫩梢枝叶就披上金黄色的绒毛，在阳光里熠熠闪光，为佛国增添了神秘的色彩，引得善男信女叹为观止。
佛顶山是普陀山的最高处，登上此处，晴天四望，远山近礁，环列奔趋。遇山雨欲来，则白雾围绕山腰，渐至混濛，这时，云扶石如青帆一片，出没云涛，充满诗意。“华顶云涛”为普陀十二景之一，人们为要充分领赂普陀山水之胜，看一看山海之奇，往往不辞艰辛，登临华顶。历来有“不上佛顶，等于末到普陀”之说。据说在华顶还可看到罕见的海市蜃楼和佛光。
民国五年(1916年)八月十二五日，孙中山与胡汉民等人乘“建康”号军舰，往舟山群岛视察，顺道登上了普陀山，看到了可遇不可求的“海市蜃楼”，并写下《游普陀山志奇》以记其胜。全文写道：“余因视察象山、舟山军港，顺道趣游普陀山。同行者为胡君汉民、邓君孟硕、周君佩箴、朱君卓文，及浙江民政厅秘书陈君去病，所乘建康舰舰长则任君光宇也。抵普陀山骄阳已斜，相率登岸。逢北京法源寺沙门道阶，引至普济寺小住，由寺主了余唤肩舆出行，一路灵岩怪石，疏林平沙，若络绎迓送于道者。纤回升降者久之，已登临佛顶山天灯台。凭高放览，独迟迟徘徊。已而旋赴慧济寺，方一遥瞩，奇观现矣：则见寺前恍矗立一伟丽之牌楼，仙葩组锦，宝幡舞风，而奇僧数千。窥厥状，似乎来迎客者。殊讶其仪观之盛，备举之捷。转行转近益晾然，见其中有一大圆轮，盘旋极速，莫识其成以何质？运以何力？方感想间，急杳然无迹，则已过其处矣。既入慧济寺，亟询之同游者，均无所睹，遂诧以为奇不已。余脑藏中素无神异思想，竟不知是何灵境？然当环眺于佛顶台时，俯仰间大有宇宙在乎手之慨。而空碧涛白，烟螺数点，觉平生所经，无似此清胜者，耳闻潮音，心涵海印，身境澄然如影，亦即形化而意消。焉呼！此神明之所以内通钦？下佛顶山，经法雨夺，钟鼓镗鞳声中急向梵音洞而驰。暮色沉沉乃归，普济寺晚餐。了余、道阶，精宜佛理，与之谈，令人悠然意远矣！民国五年八月二十五日。孙文志。原墨挂于普济寺客堂，毁于十年浩劫。上录的全文是据翻拍照片整理的。关于该文的真伪也是莫衷一是。据1962年，郭沫若考定，此文并非孙中山手迹，可能是旁人代书，孙中山先生认可的。而加盖的“月白风清”印却是真品。
