关于云居寺，先要说一个名为静琬的隋朝僧人。静琬，又名净琬，他有感于北周、北齐的灭佛政策，担心将来有一天悲剧再临，佛法湮灭，于是发愿将佛经刻于磐石之上，使之永世流传。静琬的这一事业得到皇室的大力支持，隋大业元年（605年），静琬于涿州白带山山麓开凿石洞，于洞内刻经。
贞观十三年（639年），静琬圆寂，由弟子们继续他的刻经事业，并将这一事业传承了数百年，直到辽代，方才完成大师遗愿。但是此地的刻经并未就此停止，辽金元明清，历代都不断有人在此进行着刻经事业，并且往往得到皇室的支持。到现在，此地总共刻经1122部，3572卷，大小石经版14278块，世称《房山石经》，此山也因之改名石经山。
云居寺，正是静琬于贞观五年（631年）所建。静琬建寺后，云居寺历代皆有修建。辽圣宗时期，已形成五大院落，六进殿宇的规模。可惜于1942年遭日军轰炸，毁坏严重。解放后，经两次大规模修建，现在的云居寺，再一次蓬勃起来，成为京西名刹。
云居寺坐西朝东，沿中轴线布局。现在的云居寺没有山门，第一间殿是天王殿，天王殿后面是毗卢殿。从毗卢殿北侧沿小路走进去，可以看到寺内收藏的一批古碑、古塔的残件。
再往前走，有三座塔，名为三公塔。云居寺除了石经，最著名的应该就是塔了。云居寺素有“塔林”之称，寺内及周围现存十余座古塔。
这三座塔自北向南分别是溟波、圆通、了尘三位大师的墓塔。三人是清代云居寺的三位主持，不仅佛法造诣高深，而且对云居寺在清代的振兴有重要的贡献。三座塔均是砖石结构喇嘛塔，塔身雕刻有各种纹饰，很有清代特点，塔前均有石供桌。其中溟波塔保存较好，有方形的台基和须弥座，须弥座有一层束腰。圆通和了尘两位大师的墓塔下部损毁较严重，须弥座均不存，现用石块和水泥堆砌。
三公塔往南走上台阶就是云居寺北塔，北塔又称罗汉塔或红塔，是一座楼阁式塔和喇嘛塔结合的平面八角形砖塔。此塔的建造年代没有明确记载，林元白《房山云居寺塔和石经》一文推断，应与云居寺南塔同时，即辽天庆七年（1117年）。
此塔为“塔内有塔”的情况，下部为楼阁式辽塔，上部为后来包砌的塔顶。现在的北塔最底部是新砌的一层薄薄的的塔基，其上是须弥座。须弥座的底部有一圈小塔，每面22个，是烧制好的砖砌上去的。小塔两侧写“法舍利塔”。塔身写“诸法因缘生，我说是因缘，因缘尽故灭，我作如是说”，语出《佛说造塔功德经》。
再上是一圈束腰，每面三个壼门。损坏严重，大部分为补砌，只有少量存留雕刻。再上为第二层束腰，也是每面三个壼门。再上为一层平坐的斗栱，除转角铺作外，每面一个补间铺作。平坐上为楼阁式塔身两层，上层较下层略小。塔身东南西北四正面开拱券门，四隅面砖砌假窗。两层塔身均有平坐，平坐均有斗栱支撑。除第一层平坐的斗栱外，其它各层斗栱都是两朵补间铺作。铺作间的拱眼壁也有雕刻。第二层塔檐上为喇嘛塔顶的须弥座，每面两个壼门，再上为塔肚和塔顶。
北塔的周围还有四座小唐塔。西南角为开元十五年唐塔，开门朝南；西北角为景云二年唐塔，开门朝北；东北角为开元十年唐塔，开门朝北；东南角为太极元年唐塔，开门朝南。四座塔材质均为白色大理石，高约3米，形制均为平面方形塔，六层塔檐，是典型的唐代密檐塔。正门两侧各有一力士守门，塔身侧面有铭文，内部中空，壁上雕有佛像或供养人，尤以东北角的开元十年唐塔雕刻最为精彩。
与北塔中轴线对称的位置为云居寺南塔原址，南塔已经于1942年毁于日军炮火，现在于原处重建，据说是依据原南塔样式。南塔由辽代沙门绍坦发心修建，高30米，十三层密檐塔。静琬法师密藏于雷音洞内的佛舍利曾藏于此塔，故称释迦佛舍利塔。此塔被炸毁时，塔心脱落《石经寺释迦佛舍利塔记》，记载“此塔前相去一步在地宫有石经碑四千五百条”，成为发现辽、金石经的重要线索。
南塔南边不远是压经塔，压经塔建于辽天庆八年（1118年），名为《续密藏石经塔》。塔身上刻有《续密藏石经塔记》，阐述了静琬刻经目的，辽代诸帝支持刻经的史实，以及通理大师将大版改为小版、单面刻改为双面刻、变山洞藏为地穴藏的三项改革措施。
压经塔西面是琬公塔。琬公塔是静琬大师的墓塔。根据《静琬大师塔铭》记载，此塔建于辽大安九年（1093年），供奉大师的灵骨。塔正面刻有“开山琬公之塔”。
琬公塔旁边有一碑，名为《琬公塔院记碑》，立于明万历壬辰年（应是1592年），记载了达观真可大师被静琬的精神感动，在慈圣太后的资助下，赎回塔院，并参拜雷音洞，发现佛舍利的事迹。
